太平天国从此由盛转衰。洪秀全临朝主政，重建五军主将制，大力提拔年青将领陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清等，重用陈玉成、李秀成主持军国事务，一度重振军威，破江北大营，三河大捷大败湘军李续宾部。1859年，洪仁玕到天京，得天王倚重，封干王，主持朝政，颁布了《资政新篇》。
第二次鸦片战争后，外国侵略者同清政府互相勾结，共同镇压太平天国。太平天国坚决同侵略者进行英勇斗争，给侵略者以沉重打击。安庆失陷之后，太平军在江苏、浙江的根据地也相继失守，只剩下天京及其周围小块地区，这时，天京内无粮草，外无援兵，形势日益危急。1864年6月，洪秀全病逝。7月19日，湘军挖掘地道，用火药轰塌城墙，经过激烈巷战，天京陷落。大部分太平军将士壮烈牺牲，少数人突围。幼天王和洪仁玕在江西被俘，英勇就义。李秀成在天京突围时被俘，被曾国藩杀死。太平军余部转战大江南北，一直奋战到1868年。