此外，还需注意的一个问题是，在规范宅基地流转的同时应进行农村宅基地的整理与确权工作。因为宅基地本具有福利的性质，农户占有宅基地的面积根据法律是有限制的。根据目前的法律对土地用途的限制，农民不得任意改变集体土地的用途。因此，对农村宅基地的整理是保障公平的一个基本要件。对于超过核定标准所占有的宅基地以及通过土地用途变化所形成的宅基地，通过流转所产生的收益归土地所有权人即集体经济组织所有，这同国有土地若改变用途应当调整土地使用权出让金的道理是一样的。
7.2.4 分类清理——小产权房的法律规制
早在2009年国家就多次叫停小产权房，2011年原国土资源部表示要坚决推进小产权房的清理工作，而今天，小产权房市场仍然呈繁荣之景象。就此笔者认为，清理是必要的，但是清理并非是一件简单的事情，处理不好将会造成严重的社会稳定问题。小产权房主要有两类情况：一类是本村村民在取得的宅基地上建造并转让给非本集体经济组织的村民、城镇居民等的房屋；另一类是房地产开发商和农村集体经济组织以经济利益为出发点进行合作而占用农村集体土地开发建设并销售的房屋。[36]对于不同种类的小产权房的清理工作，我们应该予以区别对待。