不过，五四以前的新文化运动也有着自身的局限性。运动的倡导者们没能把新文化运动同广大群众相结合，使运动仅停留在知识分子的圈子里，新思想新文化未能深入到民众中去。同时，有的领导人如陈独秀、钱玄同等还存在着从形式主义看问题的明显缺陷，这对以后文化运动的发展也产生过某些消极影响。
随着新文化运动的崛起和发展，中西文化的论争以前所未有的广度和深度迅速地趋于激化。在五四以前，激进民主主义者与孔教派和“东方文化派”之间，展开了多次争论，其中较引人注目的有尊孔与反孔之争、《新青年》与《东方杂志》间的文化论辩以及“林蔡之争”。下面，就对这几次论争的内容作一概述。
一、尊孔与反孔
1912年2月15日，袁世凯经临时参议院选举成为中华民国临时大总统，窃取了辛亥革命的胜利成果。如前所述，他掌权后，在文化上推行一种文化复古的专制政策，致使社会上尊孔读经的活动愈演愈烈。
在民间，以康有为及其弟子为中坚掀起的孔教运动，客观上适合了袁世凯、张勋为复辟帝制而尊孔的需要。1912年10月，陈焕章、麦孟华、沈曾植等人在上海发起成立孔教会，推康有为为会长，陈焕章任总干事。总会初设上海，1913年迁至北京，次年再迁至曲阜。在此前后，国内各地和海外一些地方都成立了尊孔团体。