如果说上辈子回眸五百次才能得到一名挚友的话，那么若是要想有一个真正的宿敌，至少得对眼五百零一次吧。
迷宫的十字路——义经和弁庆
某日深夜，在东京的某个神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然来了个戴着假面具的黑影男人，不等那三人答话，便噌噌拔出日本刀和弓箭将他们全部瞬杀在地；几乎与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本著名武士源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团“源氏萤”所窃，事件开始向破解的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！