至五月中旬，福康安指挥大军，尽收失地，廓军狼狈撤归本国。福康安遵照乾隆帝指示，挥军直入廓境。
清军一路披荆斩棘，如入无人之境，深入廓境七百余里，距离廓尔喀首都阳布仅仅几十里，就要大功告成。至本年七月初，清军遭遇廓国兵力的强烈抵抗，清廓展开激战，互有伤亡。至此，廓尔喀国王乘隙乞降。廓国送还扎什伦布财务，交出祸首沙玛尔巴遗骨，等等。
乾隆帝接到前方战报，审势度时，做出了正确的抉择。他没有坚持一定要打进廓国都城阳布，指示福康安见机行事。福康安因势利导，晓以利害，廓尔喀因之而乞和，并派出贡使，于五十七年九月二十日至扎什伦布，向班禅谢罪。同时，派使者进京，第二年正月，乾隆帝赐宴来使，并册封拉特纳巴布尔为廓尔喀国王。
至此，第二次廓尔喀入侵事件宣告结束，廓尔喀向清朝纳贡称臣。
为了加强中央政府对藏区的管理，乾隆帝开动脑筋，做了两件大事。
一是创立金瓶掣签制度。
西藏的达赖和班禅，在转世灵童的确定上，往往存在争议，清朝中央政府难以控制。乾隆五十七年八月二十六日，乾隆帝第一次提出金瓶掣签制度，确定达赖喇嘛灵童转世之法，将“实在根基之呼毕勒罕”若干人的出生年月日各书一签，放在金奔巴瓶内，令达赖喇嘛会同驻藏大臣一起“对众拈定”，完成灵童的转世传承。后来，这个制度进一步推广到班禅的转世灵童确定；再后来，又推广到蒙古和青海大活佛的灵童转世。这样，金瓶掣签制度特别设立了两个金瓶，一个放在北京雍和宫，专供蒙古地区大活佛转世灵童掣签用。另一个置放在拉萨大昭寺，专门供西藏、青海等地掣签，确定大活佛转世灵童。所以，凡藏蒙大活佛如达赖、班禅、章嘉呼图克图、哲布尊丹巴呼图克图等转世时，均须经金瓶掣签认定。