至五月中旬,福康安指挥大军,尽收失地,廓军狼狈撤归本国。福康安遵照乾隆帝指示,挥军直入廓境。
清军一路披荆斩棘,如入无人之境,深入廓境七百余里,距离廓尔喀首都阳布仅仅几十里,就要大功告成。至本年七月初,清军遭遇廓国兵力的强烈抵抗,清廓展开激战,互有伤亡。至此,廓尔喀国王乘隙乞降。廓国送还扎什伦布财务,交出祸首沙玛尔巴遗骨,等等。
乾隆帝接到前方战报,审势度时,做出了正确的抉择。他没有坚持一定要打进廓国都城阳布,指示福康安见机行事。福康安因势利导,晓以利害,廓尔喀因之而乞和,并派出贡使,于五十七年九月二十日至扎什伦布,向班禅谢罪。同时,派使者进京,第二年正月,乾隆帝赐宴来使,并册封拉特纳巴布尔为廓尔喀国王。
至此,第二次廓尔喀入侵事件宣告结束,廓尔喀向清朝纳贡称臣。
为了加强中央政府对藏区的管理,乾隆帝开动脑筋,做了两件大事。
一是创立金瓶掣签制度。
西藏的达赖和班禅,在转世灵童的确定上,往往存在争议,清朝中央政府难以控制。乾隆五十七年八月二十六日,乾隆帝第一次提出金瓶掣签制度,确定达赖喇嘛灵童转世之法,将“实在根基之呼毕勒罕”若干人的出生年月日各书一签,放在金奔巴瓶内,令达赖喇嘛会同驻藏大臣一起“对众拈定”,完成灵童的转世传承。后来,这个制度进一步推广到班禅的转世灵童确定;再后来,又推广到蒙古和青海大活佛的灵童转世。这样,金瓶掣签制度特别设立了两个金瓶,一个放在北京雍和宫,专供蒙古地区大活佛转世灵童掣签用。另一个置放在拉萨大昭寺,专门供西藏、青海等地掣签,确定大活佛转世灵童。所以,凡藏蒙大活佛如达赖、班禅、章嘉呼图克图、哲布尊丹巴呼图克图等转世时,均须经金瓶掣签认定。