谭嗣同觉察到人类认识的相对性和客观真理的无穷无尽，认为人类只有不断总结前人的经验和成果，才能使认识不断地加深，从而促进自然科学越来越发展。但是，遗憾的是，谭嗣同并未把自然科学作为自己认识论的重要依据坚持下去，而是被佛教神学所束缚，所以，他在肯定客观事物的运动变化的同时，也否认了客观事物的质的规定性，在认识论上把事物的变化看成是不可捉摸的东西，他说：“眼耳鼻舌身所及接者，曰色声香味触五而已。以法界虚空界众生界之无量无边，其间所有，必不止五也明矣。仅凭我所有之五，以妄度无量无边，而臆断其有无，奚可哉？”“鼻依香之逝，舌依味之逝，身依触之逝，其不足恃，均也。”[99]在谭嗣同看来，感觉经验之所以不可靠，其原因是世界无边无际，而仅凭人的有限的五个感官去感受无限的世界是不可能的，并且感觉器官所感觉的仅仅是逝去的事物，“其真形实万古不能见”“其真声实万古不能闻也”，因而感觉经验也是不可相信的，这就否定了直接经验。
谭嗣同认为，在认识过程中只有抛弃感觉经验，才能得到真理性的认识。他以“一多相容”“三世一时”为例做了说明：“苟不以眼见，不以耳闻，不以鼻嗅，不以舌尝，不以身触，乃至不以心思，转业识而成智慧，然后‘一多相容、三世一时’之真理乃日见乎前。”[100]谭嗣同企图抛开感性认识，以“转业识而成智慧”，即达到认识真理的地步，这就滑入了唯心主义的泥潭。